Scooby-Doo et son gang perdent leur mythique réputation. Un scélérat masqué sème la panique en ville avec une super machine à monstres qui reproduit les vieux ennemis de Mystère et Cie : le fantôme Ptérodactyle, le spectre du Chevalier Noir et le monstre dix mille volts. Sous la pression d'implacables reporters et des habitants terrifiés de Coolsville, le gang se lance dans une enquête périlleuse qui va faire douter Sammy et Scooby-Doo de leur place au sein de Mystère et Cie.